1. Zber a analýza historických dát Projekt začína dôkladnou analýzou historických údajov z laboratórnych systémov slovenských nemocničných zariadení, ktoré pokrývajú obdobie pred pandémiou, počas nej aj po nej. Cieľom je získať prehľad o výskyte mutirezistentných stafylokokových kmeňov a o ich vývoji v čase. Tieto dáta poskytujú základ pre porovnanie so súčasnou situáciou a tvorbu dlhodobých trendov.



2. Zber nových klinických izolátov Súčasťou projektu je aktívny zber nových kmeňov stafylokokov z rôznych typov klinických vzoriek (napr. krv, rany, výtery). Identifikácia kmeňov prebieha pomocou metódy MALDI-TOF a citlivosť na antibiotiká sa testuje štandardnými laboratórnymi metódami. Tieto aktuálne údaje budú porovnávané s historickými pre posúdenie zmeny výskytu patogénu.

 

3. Molekulárna charakterizácia a celogenómové sekvenovanie Vybrané multirezistentné kmene budú podrobené hlbšej genetickej analýze, vrátane celogenómového sekvenovania (WGS) pomocou technológie NextSeq. Analýza sa zameria na identifikáciu génov antibiotickej rezistencie a mutácií, ktoré môžu súvisieť so zvýšenou patogenitou alebo prenosom infekcií.

 

4. Klasifikácia do klonálnych komplexov Získané kmene budú zaradené do tzv. klonálnych komplexov pomocou metódy MLST (Multilocus Sequence Typing). Táto klasifikácia umožňuje lepšie pochopiť genetickú príbuznosť medzi kmeňmi, ich šírenie v rámci zdravotníckych zariadení ako i identifikovať potenciálne nebezpečné klony.

 

5. Vývoj integrovanej databázy Všetky zozbierané a analyzované údaje budú zhromaždené v centrálnej databáze. Táto databáza bude navrhnutá ako praktický a používateľsky prívetivý nástroj pre výskumníkov a špecialistov vrátane epidemiológov a nemocničný manažment. Umožní rýchlu orientáciu v dátach, vyhľadávanie kmeňov podľa rôznych kritérií a podporí rozhodovanie v oblasti antibiotickej politiky.

 

6. Korelácia fenotypu a genotypu Cieľom tejto aktivity je porovnať výsledky molekulárnych analýz so štandardnými laboratórnymi výsledkami. Tým sa overí presnosť rutinných diagnostických postupov a vytvoria sa odporúčania pre ich prípadnú optimalizáciu, čím sa zlepší efektivita identifikácie a manažmentu infekcií v praxi.

 

7. Diseminácia, vzdelávanie a zvyšovanie povedomia Projekt zahŕňa aj vzdelávacie a popularizačné aktivity. Výstupy budú prezentované na odborných konferenciách, vo vedeckých časopisoch, ako aj formou workshopov a e-learningových kurzov. Zároveň sa počíta so zapojením verejnosti prostredníctvom informačných kampaní o správnom používaní antibiotík a rizikách rezistencie baktérii.